O Jmol é escrito em Java, lê ficheiros em diversos formatos e possui várias funcionalidades para além da visualização de estruturas químicas em 3D. A sua versão estável mais recente é, à data da actualização da FAQ, a 12.0 .
Pode ser utilizado como applet em páginas-web.
Existem outras alternativas gratuitas.
Referência
Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D. http://www.jmol.org/
v. 1.1. 2010-12-08