Sim.
Utilize a funcionalidade "glossário" existente no phpMyFAQ. Desta forma, sempre que o acrónimo ou a sigla nele definida aparecer no texto da FAQ separada por espaços é gerado, de forma automática, o código HTML necessário(1). O seu significado aparece num pop-up .
(1) Para este efeito são usadas as tags HTML standard .
v. 1.0 . 2009-12-22